Les vaccins protègent contre la COVID-19, mais ne sont pas infaillibles

Si vous avez déjà lu un résultat de test PCR, vous aurez peut-être noté une valeur quantitative, le Ct (parfois appelé Cq). Ce résultat numérique donné par les automates d’analyse est le reflet de la quantité de virus présente dans le prélèvement, et donc de la charge virale de la personne infectée. Les valeurs de Ct donnent des informations précieuses sur les dynamiques intra-hôtes du virus. Deux chercheurs du CNRS ont ainsi fait équipe avec Biogroup, acteur important de la biologie privée française, pour exploiter ces données. Lors de l’émergence des variants d’intérêt, le laboratoire a déployé des tests PCR pour détecter des mutations caractéristiques, contribuant au suivi de l’évolution de la fréquence des variants sur le territoire national. Par ailleurs, le laboratoire a rassemblé les renseignements fournis par chaque personne testée sur la présence de symptômes et leur date de début, ainsi que sur leur statut vaccinal au moment du prélèvement.

Ce jeu de données exceptionnel permet d’étudier l’effet de la vaccination sur la charge virale des personnes infectées par le SARS-CoV-2, et de comparer la charge virale conférée par l’infection par le variant Delta au variant majoritaire précédent, Alpha. L’analyse des données indique que l’absence de symptômes, l’infection par le variant Alpha plutôt que Delta, et la vaccination sont associées à des charges virales plus faibles. En revanche, lorsque les auteurs se sont concentrés sur les résultats obtenus chez les personnes déclarant avoir des symptômes, ils n’ont pas détecté de différence statistiquement significative de charge virale entre les patients ayant un schéma vaccinal complet et les patients n’étant pas complètement vaccinés.

Cette étude utilise des résultats de tests, donc des données récoltées chez des individus allant se faire tester pour des raisons diverses. Notamment, ces raisons peuvent différer entre personnes vaccinées ou non : par exemple, la mise en place du pass sanitaire a donné lieu à de nombreux tests chez les personnes non encore complètement vaccinées. Des études systématiques avec un suivi au cours du temps d’individus en bonne santé permettraient de confirmer ces résultats, mais sont difficiles à mener. 

En conclusion, bien que les valeurs de Ct soient une approximation perfectible de la charge virale, elles sont de fait associées à la contagiosité selon plusieurs études récentes. Si les résultats confirment l’efficacité des vaccins, qui réduisent la charge virale chez les personnes infectées mais asymptomatiques, ils incitent aussi à la prudence et à recommander, pour le contrôle de l’épidémie, des mesures d’isolement similaires pour les personnes vaccinées symptomatiques que pour les personnes non vaccinées.