Microbiome

Host-microbiota interactions : from holobiont theory to analysis
Expertise
Auteur(s)
Jean-Christophe Simon
Julian Marchesi
Christophe Mougel
Marc-André Selosse
Publication
June 2019
Éditeur
Guest Editors

Les avancées de la recherche sur les holobiontes dans un numéro spécial de la revue Microbiome

Humains, animaux et plantes, tous ont en commun d’héberger un microbiote composé d’une grande diversité de microorganismes. Un holobionte correspond à cet ensemble hôte-microbiote. Le concept récent d’holobionte nourrit de nombreux travaux scientifiques allant de la santé humaine à l’écologie. Microbiome, une revue de référence dans le domaine de la microbiologie vient de publier un numéro spécial qui dresse l’état de la science dans ce domaine et auquel ont contribué plusieurs équipes du CNRS et de l’INRA.

Un Homme, un animal ou une plante entretient de multiples interactions avec le microbiote qui lui est associé. Le microbiote façonne des traits de son hôte et influence un grand nombre de ses fonctions biologiques comme le développement, la nutrition, la reproduction ou l’immunité. Ainsi, nombre des phénotypes des individus résultent de l’expression combinée des gènes de l’hôte et de ceux des microorganismes du microbiote. Ce changement de paradigme a conduit à la généralisation et la vulgarisation de la notion d’holobionte : l’holobionte correspond à l’unité biologique composée de l’hôte et de son microbiote  ; l’hologénome désigne l’ensemble des génomes de l’hôte et de microorganismes associés.

Vingt et un articles qui couvrent un vaste champ de recherches

La recherche sur les holobiontes est aujourd’hui un impératif dans de nombreux domaines des sciences de la vie, de l’environnement et de la médecine. Ce numéro spécial de la revue Microbiome, coordonné par des chercheurs de l’Inra, du CNRS, du CEA et du Muséum National d’Histoire Naturelle fait le point, au travers de 21 articles scientifiques, sur les dernières avancées scientifiques sur les holobiontes. Dans ces articles, les chercheurs précisent le concept d'holobionte, en débattent et l’appliquent à des organismes taxonomiquement et écologiquement diversifiés, des êtres humains aux plantes en passant par les éponges marines et les insectes. Ce numéro spécial est issu du premier colloque international sur les holobiontes qui a été organisé en 2017 à Paris sous l’égide du groupe de recherche en génomique environnementale et qui avait réuni plus de 200 spécialistes internationaux.